1、法律法规管理：南石龟是一种受保护的动物，属于国家二级重点保护野生动物，其繁殖、交易和运输都受到法律的严格管制，个人私自养殖、买卖南石龟会触犯国家有关法律法规。
2、对环境的适应性差：南石龟在野外生长习惯于吃各种多样的植物、昆虫等食物，生活受温度、湿度等自然因素的影响大，自然环境中的庇护、避寒等龟穴环境等都对其繁殖和成长至关重要，如果以此为依据模拟外部环境进行养殖会较为困难。
3、生理和疾病问题：南石龟对自身外部环境的需求较高，对温度及湿度的不满足、饲养环境的缺陷会导致其身体出现一系列异常、疾病，如皮肤龟裂、眼疾、呼吸系统感染等疾病，其繁殖过程也需要非常专业的管理技能和知识。