昆明南和昆明站的区别是：交通枢纽不同、站点规模不同。
1、交通枢纽不同
昆明南站，位于中国云南省昆明市，是中国铁路昆明局集团有限公司管辖的一座车站，是中国西部地区大型综合性交通枢纽之一、也是云南省五网建设中路网的重要交通枢纽。
昆明站，位于中国云南省昆明市，是中国铁路昆明局集团有限公司管辖的一等站，是沪昆铁路、成昆铁路、南昆铁路交汇的重要交通枢纽站点。
2、站点规模不同
昆明南站总建筑面积为33.47万平方米，站房总建筑面积约12万平方米，总投资31.84亿元人民币，站场规模为16台30线。而昆明站总建筑面积为25000平方米。